Monografías y documentos Facultad de Medicina Sede Central

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https://hdl.handle.net/20.500.14492/30701

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    Diagnóstico de certeza de laboratorio en muestras de orina uropositivos por Infección de Vías Urinarias en USCFI Lourdes colon y SIBASI la Libertad de agosto a noviembre 2022.
    (Universidad de El Salvador. Facultad de Medicina, 2024-01-10) Vásquez Hidalgo, Antonio; antonio.vasquez@ues.edu.sv
    El objetivo principal del estudio es encontrar parámetros de laboratorio entre examen general de orina y urocultivo que ayuden a diagnosticar correctamente una Infección de vías urinarias. La prueba diagnóstica es el Examen general de orina y la prueba confirmatoria es el urocultivo. Metodología. Se procesó una muestra de 100 boletas de laboratorio entre examen general de orina y urocultivo del mismo paciente. El 90 % de las boletas fueron del sexo femenino. Se compararon resultados por medio de la estadística descriptiva e inferencial para discriminar verdaderos positivos/negativos y falsos negativos/positivos. Resultados. De la Sensibilidad, 98 de cada 100 pacientes el resultado es capaz de detectar una infección. De la Especificidad, el 64 % es capaz de identificar a los resultados negativos o normales, La prevalencia fue del 50 %. Del valor predictivo de prueba positiva, 92 de cada 100 pacientes tienen resultados positivos a infección. Del valor de prueba negativo, 71 de cada 100 pacientes no tienen infección. Del porcentaje de los falsos positivos, el 64 % indica que tiene infección según resultados, pero en realidad no la tiene. Del porcentaje de falsos negativos, el 2 % indica que no tiene la infección, pero en realidad si la tiene. De la razón de verosimilitud positiva, tiene la probabilidad dos veces de detectar resultados positivos. Del índice Kappa, fue de 0.34 no existe concordancia entre las dos pruebas. El RR la fuerza de asociación entre las dos pruebas fue débil. El ODDs ratio, tiene una asociación positiva entre las dos variables, aunque es débil. Chi cuadrado es de 18.78. p= 0.0036 con cola a la derecha, indica si hay diferencias entre las variables por lo que rechazamos la hipótesis nula con un nivel de significancia del 95 % de que hay diferencia significativa entre las dos variables. De la curva de ROC es 0.96, indica que la exactitud diagnóstica de la prueba es excelente. Del Nomograma de Fagan, significa que, en el grupo de pacientes referidos más del 99% de los pacientes con examen de orina no tendrán un resultado positivo y que, si el resultado es normal, solo lo tendrán un 5%. De las dos pruebas el examen general de orina diagnostico un 72 % de infección, pero en realidad el urocultivo detectó un 36 % positivo a infección por crecimiento de bacterias. Conclusión. La prueba confirmatoria del urocultivo es más precisa y efectiva que el examen general de orina. El 40% de las boletas de urocultivo fueron considerados como diagnóstico de certeza confirmatorio de laboratorio. Del total el 96% de las boletas de urocultivo fueron considerados con resultado positivos o enfermos a una infección, el 4% con resultado negativo o sano y el 84% de las boletas de Examen general de orina fueron considerados como resultados positivos o enfermos a una infección, el 16% con resultados negativo o sanos. La bacteria mas reportada en un 66% fue Escherichia coli.
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    Presence of enzymes and secondary metabolites clusters in DNA sequence of Aspergillus salvadorensis in the production of natural black pigments.
    (KR Journal of Agriculture and Biosciences-, 2025-11-03) Vásquez Hidalgo, Antonio; Merino, Willian; antonio.vasquez@ues.edu.sv
    Objective. To determine by the Next-Generation Sequencing Illumina method to identify the genes related to the pigmentation of the fungus in the DNA sequencing of enzymes and secondary metabolites. As well as in determining the phenotypic and genotypic characteristics in general of the species A.salvadorensis. Methodology. For the identification of cluster genes in enzymes, proteins, and secondary metabolites, MACROGEN For the identification of cluster genes in enzymes, proteins, and secondary metabolites, MACROGEN used the following systems: the EggNOG system summary: Orthology Frequency within COG (Clusters of Orthologous Groups) Categories in sequencing reading. MetaCyc: Database offering detailed information on metabolic pathways, enzymes, compounds, and reactions, UniRef: The UniProt Reference Clusters (UniRef) offer clustered sets of sequences derived from the UniProt Knowledgebase, including isoforms, and selected UniParc records, EggNOG: Relative Abundance in Hierarchical Categories of COG(Clusters of Orthologous Groups) using CPM, KEGG Orthology (KO) and KEGG summary: Orthology Frequency within Main and Sub-Categories. DNA-seq. Conclusions. 14 enzymes and secondary metabolites were found in the production of black pigments produced by the fungus by oxidative stress.
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    Aspergillus salvadorensis sp. nov.
    (Universidad de El Salvador. Facultad de Medicina, 2025-11-03) Vásquez Hidalgo, Antonio; antonio.vasquez@ues.edu.sv
    El estudio se centró en la identificación integral de una muestra de Aspergillus, que se envió a MACROGEN SOUTH KOREA Illumina NovaSeq 6000 2024 para su análisis. La identificación se logró combinando la caracterización de sus metabolitos secundarios y rasgos morfológicos (análisis fenotípico) con técnicas avanzadas de ADN molecular (análisis genotípico), es-pecíficamente a través del método Next-Generation Sequencing (NGS). El objetivo principal fue realizar la caracterización fenotípica y genotípica del género Aspergillus utilizando el método de secuenciación de próxima generación (NGS). El estu-dio empleó una metodología exploratoria y experimental, llevada a cabo en dos fases históricas principales. La fase inicial consistió en la recolección de semillas de Caesalpinia coriaria. La segunda fase comenzó en 2006 con la caracterización y aislamiento macroscópico y microscópico inicial de Aspergillus. A esto le siguió un acta notarial en 2007, y en 2008 se realiza-ron estudios de microscopía electrónica simple y de barrido, junto con PCR del hongo, en México y se publicaron en la re-vista La Universidad. Más recientemente, en 2024, se realizó la extracción de ADN genómico (ADNg), la qPCR y la prepara-ción de ADNc en MACROGEN INC. para Metagenome Shotgun Sequencing Reports.Los resultados demostraron datos moleculares de alta calidad. Se extrajo el ADNg, obteniendo una concentración máxima de 12.297 ng/μl (con un volumen de 30 μl y una cantidad total de 0.369 ng), y un Número de Integridad del ADN (DIN) de 6.4. La intensidad máxima de la mues-tra se observó para 15000 pb durante el control de calidad de la pantalla de ADNg de TapeStation. El análisis de qPCR mostró un fragmento de qDNA de 624 pb a una concentración de 103,24 nM (41,87 ng/μl). Para el proceso de secuenciación, se obtu-vieron un total de 11.705.895.990 pb y 77.522.490 lecturas totales utilizando la biblioteca TruSeq Nano DNA. El contenido de nucleótidos fue de 49,7% GC y 50,3% AT. Las métricas de calidad fueron excelentes, con Q20 en 95.1% y Q30 en 88.3%, lo que confirma la alta calidad de los datos. Después del recorte de calidad y adaptador, y la eliminación de contaminantes, el valor de los datos brutos se refinó de 38,761,245 N a 30,961,740. La taxonomía de Krona y los mapas de calor confirmaron que el género es Aspergillus. En conclusión, el hongo posee varias vías metabólicas activas únicas que le permiten producir tintes es-pecíficos. Esta capacidad distintiva, que puede ser el resultado de la evolución local en respuesta a condiciones ambientales particulares, podría justificar su clasificación como una nueva especie. El Aspergillus sp se identificó con éxito utilizando el método de secuenciación NGS, mostrando una variedad de especies, lo que se alinea con estudios previos en 2006 donde se denominó Aspergillus salvadorensis.
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    Characterization of Aspergillus salvadorensis Isolated from Caeselpinia coriaria Seed, El Salvador.
    (Universidad de El Salvador. Facultad de Medicina, 2025-11-10) Vásquez Hidalgo, Antonio; antonio.vasquez@ues.edu.sv
    The study focused on the identification the phenotypic and genotypic characterization of the Aspergillus genus using the Next-Generation Sequencing (NGS), which was sent to MACROGEN SOUTH KOREA Illumina NovaSeq 6000. Carried initial pase involved the collection of Caesalpinia coriaria seeds. The second phase began in 2006 with the initial macroscopic and microscopic characterization and isolation of Aspergillus. The gDNA was extracted, yielding a maximum concentration of 12.297 ng/μl (with a volume of 30 μl and a total amount of 0.369 ng), and a DNA Integrity Number (DIN) of 6.4. The maximum sample intensity was observed for 15000 bp during the Tape Station gDNA Screen quality control. qPCR analysis showed a qDNA fragment of 624 bp at a concentration of 103.24 nM (41.87 ng/μl). For the sequencing process, a total of 11,705,895,990 bp and 77,522,490 total reads were obtained using the TruSeq Nano DNA library. The nucleotide content was 49.7% GC and 50.3% AT. Quality metrics were excellent, with Q20 at 95.1% and Q30 at 88.3%, confirming high data quality. After quality and adapter trimming, and contaminant elimination, the raw data value was refined from 38,761,245 N to 30,961,740. Krona taxonomy and Heatmaps confirmed the genus as Aspergillus. In conclusion. The Aspergillus sp wa successfully identified showing a variety of species, which aligns with previous studies in 2006 where it was named Aspergillus salvadorensis. The ITS and BenA sequences are not identical known species, which validates their identification as the new taxon Aspergillus salvadorensis.